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PLANS - Proximity Ligation And Nanopore Sequencing for the characterization of native RNA-protein interactions

PLANS - PRIN Proximity Ligation And Nanopore Sequencing for the characterization of native RNA-protein interactions

CUP: B53D23016490001
Codice: 2022W93FTW
Responsabile: Roberto Giambruno
Tipo: PRIN 2022
Data Inizio: 05/10/2023
Data Fine: 04/10/2025

OBBIETTIVO

Identificare gli interattori molecolari delle proteine che legano l’RNA – RNA-binding proteins (RBPs) – in cellule umane vive.

La strategia PLANS sfrutta l’attività della perossidasi batterica APEX2, capace di produrre radicali di biotina che vanno a biotinilare proteine o RNA presenti nella sua prossima vicinanza ( < 20 nm). Esprimendo una proteina di fusione APEX2 con una RBP di proprio interesse, è possibile identificare gli interattori proteici ed i trascritti di RNA legati dalla RBPs direttamente in cellule.

I maggiori vantaggi di questo approccio sono:

  • Identificazione degli interattori senza ricorrerre ad alcuna strategia di crosslinking.
  • Minimizza le artificiali interazioni tra macromolecole biologiche che possono avvenire durante la lisi cellulare
  • Permette di identificare interazioni transienti e di molecole poco espresse.
  • Grazie al long-read nanopore sequencing è possibile caratterizzare i trascritti di RNA nativi, eventualmente caratterizzando sia le isoforme di splicing che le eventuali modifiche post-trascrizionali.

Personale IRIB-CNR coinvolto

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